2005年2月,經(jīng)國務(wù)院學(xué)位辦批準(zhǔn),大連海事大學(xué)成為工商管理碩士(MBA)、公共管理碩士(MPA)和法律碩士(J.M)三個專業(yè)學(xué)位碩士研究生培養(yǎng)單位。2005年3月,學(xué)校分別成立了以上三個專業(yè)學(xué)位教育中心。進(jìn)入2006年,為進(jìn)一步整合學(xué)校教育資源,強化對專業(yè)學(xué)位教育的管理,促進(jìn)教育培養(yǎng)工作的開展,打造國內(nèi)一流的MBA、MPA和J.M品牌,學(xué)校研究決定成立專業(yè)碩士學(xué)位教育中心,后更名為專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院。2011年,法律碩士教育中心由專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院調(diào)整至法學(xué)院;同年3月,交通運輸部管理干部學(xué)院和大連海事大學(xué)合作共建北京研究院,掛靠專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院。專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院是大連海事大學(xué)的二級教學(xué)單位,全面負(fù)責(zé)交通運輸行業(yè)高層次人才的專業(yè)學(xué)位研究生教育和培養(yǎng)工作,是我校培養(yǎng)交通運輸領(lǐng)域高級管理人才的重要基地與窗口。學(xué)院設(shè)招生與市場開拓部、培養(yǎng)與學(xué)位管理部及辦公室三個部門,全面負(fù)責(zé)大連海事大學(xué)MBA、MPA教育的招生、培養(yǎng)、學(xué)生管理工作。學(xué)院獨特的辦學(xué)模式受到全國MPA教育指導(dǎo)委員會高度評價:“大連海事大學(xué)成立的專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院,辦學(xué)體制獨特,發(fā)揮了科學(xué)管理的優(yōu)勢,有效地整合了學(xué)校優(yōu)勢學(xué)科與師資資源”。截止2015年9月底,學(xué)院現(xiàn)有專業(yè)學(xué)位碩士研究生826名,其中工商管理碩士(MBA)441名、公共管理碩士(MPA)385名,畢業(yè)生2500名。